SnapGene中文使用教程 - 图文

SnapGene使用教程

一、SnapGene中的几个View介绍 View1:Map

1. 打开一个质粒图谱文件,在Topology option处选择circular。得如下界面:

显示质粒图谱的酶切位点。右侧箭头可显示不同厂家出售的酶。

显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击其显示的箭头可显示该ORF

的片段大小、GC%值等一些信息。

显示片段名称。

△给非编码序列命名:如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧sequence,找到两个酶切位点之间的序列。

View2:Sequence

点击Sequence,得到如下界面:

显示编码的氨基酸序列,有缩写和全写两种。

View3:Enzymes

点击Enzymes,得到如下界面:

View4:Features

点击Features,得到如下界面:

显示各个已命名片段的一些特点。 二、

对片段进行注释

1.给编码序列命名:

点击其中一个箭头,按Feature→Add Translated Feature,弹出以下窗口:

Feature:给该片段命名。

Type:选择该片段的类型,右侧箭头代表阅读方向。 Color:选择颜色。 2. 给非编码序列命名:

如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和

最后一个酶切位点。点击左侧sequence,找到两个酶切位点之间的序列。 3. 给质粒图谱增加引物序列:

按Edit→Find,输入引物序列,找到质粒序列对应位置,点击Primers

→Add primer,弹出该界面:

按上下游引物选择Top Strand还是Bottom Strand,在Primer处可给该引物命名,随后即可显示该引物在图谱Map中的位置。 三、

创建新DNA文件

1. 打开SnapGene,点击New DNA File,弹出以下窗口:

在Create the following sequence窗口下输入DNA序列,并对该文件命名,点击OK。或是点击Import from Genebank,输入NCBI中某序列的access number,点击OK。

2.此时弹出如下窗口:

3.对该序列进行注释:点击Features→Add Feature,对该序列进行命名注释。 △创建质粒图谱文件方法相同。 四、处理序列翻译信息 1.创建一个DNA序列文件,点击2.显示如下箭头:

黄色箭头代表的是上面一条链编码序列,绿色箭头代表的是下面一条链编码序列。 3.点击Sequence,点击有情况,其中

右侧箭头,选择All 6 Frames,可得到编码序列的所

代表的是终止密码子。

4.添加内含子:根据内含子的位置,点击Edit→Select Range,输入内含子碱基位置。点击Features→Delete Feature Segment,得到如下图:

紫色粗带为外显子,虚线为内含子部分。 五、引物、PCR和突变绘制

1.PCR引物绘制:在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。如BamHI和XbaI,在目的基因两侧截取15-30bp序列,点击Primers→Add primers,选择top strand或bottom strand,如图:

给该引物命名,然后点击Insertion,在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列,如图选择了BamHI,点解Insert:

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