ABI测序仪的测序原理和操作规程

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心。

(2) 将溶液转移至盖体分离的0.2ml PCR管中,稍离心。 (3) 在PCR仪上进行热变性(95℃ 2min),冰中骤冷,待上机。

4.上机操作

按仪器操作说明书安装毛细管,进行毛细管位置的校正,人工手动灌胶和建立运行的测序顺序文件。仪器将自动灌胶至毛细管,1.2kV预电泳5min,按编程次序自动进样,再预电泳(1.2kV,20min),在7.5kV下电泳2h。电泳结束后仪器会自动清洗,灌胶,进下一样品,预电泳和电泳。每一个样品电泳总时间为2.5h。电泳结束后仪器会自动分析或打印出彩色测序图谱。

5.仪器将自动进行序列分析,并可根据用户要求进行序列比较。如测序序列已知,可通过序列比较以星号标出差异碱基处,提高工作效率。

6.测序完毕按仪器操作规程进行仪器清洗与保养。 【计算】

测序反应精确度计算公式:100%-差异碱基数(不包括N数)/650×100% 差异碱基即测定的DNA序列与已知标准DNA序列比较不同的碱基,N为仪器不能辨读的碱基。 【注意事项与评价】

1.ABI PRISM 310基因分析仪是高档精密仪器,需专人操作、管理和维护。

2.本实验测序PCR反应的总体积是5μl,而且未加矿物油覆盖,所以PCR管盖的密封性很重要,除加完试剂后盖紧PCR管盖外,最好选用PE公司的PCR管。如PCR结束后PCR液小于4~4.5μl,则此PCR反应可能失败,不必进行纯化和上样。

3.作为测序用户来说,只需提供纯化好的DNA样品和引物,一个测序PCR反应使用的模板不同,需要的DNA量也就不同,PCR测序所需模板的量较少,一般PCR产物需30~90ng,单链DNA需50~100ng,双链DNA需200~500ng,DNA的纯度一般是A260nm/A280nm为1.6~2.0,最好用去离子水或三蒸水溶解DNA,不用TE缓冲液溶解。引物用去离子水或三蒸水配成3.2pmol/μl较好。 4.本实验使用的测序试剂盒是BigDye荧光标记终止底物循环测序试剂盒,一般可测DNA长度为650bp左右。本仪器DNA测序精确度为(98.5±0.5) %,仪器不能辨读的碱基N<2%,所需测定的长度超过了650bp,则需设计另外的引物。为保证测序更为准确,可设计反向引物对同一模板进行测序,相互印证。对于N碱基可进行人工核对,有时可以辨读出来。为提高测序的精确度,根据星号提示位置,可人工分析该处彩色图谱,对该处碱基作进一步核对。

一.Pump Block的清洁及维护

在机器运行前,必须确认Pump Block是干净的,使用POP-6测序时,注意POP-6室温下4天须更换。

1. 打开310主机,然后打开Macintosh微机, 打开Data Collection软件。

2. 在Instrument菜单下,选择manual control。

3. 选中syringe home,点execute执行。

4. 取下1ml玻璃注射器,去离子水洗净,晾干。

5. 松开capillary fitting,取下毛细管。

6. 取下buffer reservior

7. 双手执稳pump block,均匀用力,将其径直拔出。

8. 取5ml塑料注射器,用去离子水反复清洗pump block,特别注意管路的清洗。

9. 晾干后装上block,并装上毛细管。

二.安装毛细管,灌胶

1. 从4°C冰箱取出POP-6胶,室温回温30分钟。

2. 吸取少量 POP-6,将注射器来回抽动几次使胶浸润注射器内壁,然后将胶

排净。

3. 吸取POP-6适量(≈0.2ml),用DI H2O洗净注射器外壁,擦干,于Pump Block 右侧上紧。将胶放回4°C冰箱。

4. 重新装好毛细管。

5. 进入Manual Control菜单,关闭缓冲阀门(Buffer Valve Close),松开废液阀门, 手指压注射器排净管道中气泡,关上阀门(Buffer Valve Close)。

6. 进入Manual Control菜单,打开缓冲阀门(Buffer Valve Open), 同样方法排净管道中气泡,然后关闭缓冲阀门。

7. 松开capillary fitting,排净毛细管一侧的气泡,关紧fitting,注意毛细管顶端位于管路十字架的右边缘。

8. 将毛细管固定于检测窗口holder处,注意毛细管窗口之清洁(可用无水乙醇清洗), 毛细管窗口应与机器检测窗口位置的吻合(此点可用毛细管上的Marker位于检测窗边缘来证实)。

9. 毛细管另一端插入电极端,使尖端比电极略低约0.5mm,同时用手指轻轻左右调节毛细管,使之尖端贴近电极尖端(间隔约2毫米),调好后用胶带固定,合

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