发布时间 : 星期三 文章XCMS包更新完毕开始阅读
未完成-XCMS包
经常见有人问到xcms包相关的问题。我们组里很多人在用它，但因为做的方向用不到这个包，自己从没用过这个包，所以想帮忙又无从下手。然后就萌生了写（其实是翻译了）一个详细但又不冗余的xcms包的用法，希望能帮助到别人。但当开始写的时候，我才意识到这个包的参数是如此之多，而英文的说明里大多数参数意义都是一笔带过，而且例子里用的也是默认值，所以R代码里很多参数甚至都没出现。这让很多想具体问题具体分析的人感到很困难。我断断续续写了两个晚上，快写完了，或者离写完还很远（参数实在太庞杂了，比我想象中的要多的多）。由于最近事情多，而且自己也不自信，所以暂且搁笔，等有时间了或者哪天真正用到xcms时再来继续完成自己的初衷。但前面大部分的东西我已经提到了。希望还是对某些人能够有所帮助。有错误的地方麻烦提出来，共同进步…
XCMS包用法 1. 前期准备
数据类型：NetCDF, mzXML, mzData 。 所以首先需要把自己的文件通过相应的软件转化成这类文件。
数据位置：因为xcms会记录下数据所在的位置，并且在数据分析过程中会来回从文件夹中读取数据。所以不要再随意改变数据所在的文件的位置。
数据来源：来源不同的数据应当分开进行数据前处理。比如正离子和负离子模式下得到的数据，不同的洗脱梯度下得到的数据。 数据存储：xcms可以根据数据所在的文件夹的来识别不同的数据组。比如你想研究某一药物在两组病人间的纵向效应（longitudinaleffect），然后你可以把你的两组数据分别存入命名为group A和groupB的文件夹，这样xcms可以识别这两个组。每个文件夹内你还可以继续细分，比如按时间‘day1’，‘day2’等等。xcms会自动给这些数据命名为groupA/day1， group A/day 2， 等等。 （所以这里你要根据你的数据组来把它们存入不同的文件夹）。
如果这里描述的不清楚的话，我会在后面的例子里进一步说明。
下面将会以一个详细的例子来分布解说xcms是如何处理LC-MS数据的。 2. 数据分析 2.1 文件读取
cdfpath <-system.file(\
system.file 作用是寻找包里面文件的路径和全名。这里指的是在叫‘faahKO’的包中找到文件类型为‘cdf’的文件的全名。
list.files(cdfpath,recursive = TRUE)
[1] \\
\[6]
\
\
\[11] \
list.files 是读取该路径下的文件夹或文件名，并以字符型向量存储。 当然，这两条代码对我们都不重要，它们只是单纯的为了从这个包里面读取数据。
2.2 过滤及谱峰检测（filtration and peak identification） Library（xcms）每次使用这个包之前先要加载。
cdffiles <- list.files(cdfpath, recursive = TRUE, full.names = TRUE)
读取cdf文件，这里如果你要读取你自己的文件，你只要把cdfpath换成你的文件夹所在的位置就行，比如你的数据在文件 D:/data,那你把这里的代码换成cdffiles <- list.files(‘D:/data, recursive = TRUE, full.names = TRUE) 就行（当然还有更方便的方法，不过这个就够用了）。Recursive=TURE 的话，它会递归读取到你文件夹里，如果是False的话就只会读取到文件夹。Full.names=TURE的话，你会得到一个包含路径的文件名，False的话只会得到文件名。
[1]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF\[2]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko16.CDF\[3]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko18.CDF\[4]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko19.CDF\[5]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko21.CDF\[6]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko22.CDF\[7]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt15.CDF\[8]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt16.CDF\[9]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt18.CDF\[10]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt19.CDF\[11]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt21.CDF\[12]
\
3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt22.CDF\xset <- xcmsSet(cdffiles)