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分析方法应用
应用新Protean方法的步骤是：把所用方法从More Methods菜单移入方法帘，然后拖入分析窗口，基本上与前面介绍的GeneQuest方法相同。在这一节中，我们将练习使用Deleage & Roux分析方法预测蛋白质结构。
? 从分析菜单（ANALYSIS MENU）选择Show
Available，或拖动分析窗口左上的小环打开方法帘。方法帘中包括了全部已用于分析你的序列的方法。
? 你会发现Deleage & Roux方法并不在其中。
从方法帘的顶端，点击More Methods打开下面的子菜单，里面有所有可以使用的方法。从Secondary Structure的子菜单中单击Deleage & Roux，这样Deleage & Roux
就进入方法帘。
? 单击方法左边的三角形打开方法如右，如果有数字挨着图标，说明该方法已经被用于分
析，否则没有被用于序列分析，数字的多少代表方法正在被使用的次数。由于我们还没有把Deleage & Roux用于序列分析，所以其左侧没有数字。
? 点击方法左边的空白区域去除对方法的选择。然后单
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Protease Map——识别序列上的蛋白酶酶切位点，并且显示酶切图谱。 Patterns-Prosite数据库——在Prosite数据库中检索你的序列。 Patterns-Ariadne文件——在序列上寻找用户指定的Patterns。 电荷密度——电荷——预测电荷在特定的序列范围上的分布。 二级结构——Coiled Coil——预测跨膜区的阿尔法螺旋。
二级结构——Garnier-Robson——计算特定氨基酸残基在特定结构内部的可能性。 二级结构——Deleage-Roux——蛋白质的二级结构类型预测。
二级结构——Chou-Fasman——通过序列氨基酸残基的晶体结构来预测蛋白质二级结构。
Hydropathy－Goldman-Engleman-Steitz－预测可以跨过细胞膜的非极性阿尔法螺旋。 Hydropathy－Kyte-Doolittle——根据序列的氨基酸组成预测蛋白质的疏水区和亲水区。
Hydropathy－Hopp-Woods－通过计算蛋白质序列上的最大局部亲水性寻找蛋白质的抗原决定簇。
Antigenicity－Sette MHC Motifs——预测短肽上与老鼠MHC II d型蛋白质相互作用的抗原位点。
Antigenicity－AMPHI－根据序列预测免疫优势辅助性T淋巴细胞抗原位点。 Antigenicity－Rothbard-Taylor－预测含有特定基序（motif）的潜在T淋巴细胞抗原决定簇。
Antigenicity－Jameson-Wolf－通过联合现有的蛋白质结构预测方法预测潜在的蛋白质抗原决定簇。
Amphiphilicity－Eisenberg－预测Eisenberg Moment。
表面可能性——Emini——预测特定区域位于蛋白质的表面的可能性。 柔韧性－Karplus-Schulz－预测蛋白质骨架区的柔韧性。
击“Alpha, Regions,”，并将它拖入分析窗口。预测的蛋白质阿尔法螺旋区域即展示在分析窗口中。
改变方法参数
下面我们改变Deleage & Roux方法的参数，然后看一看参数改变前后这个方法预测的结果有什末不同。
? 重复上述操作将另一个Deleage & Roux方法应用于分析窗口，并将两个Deleage & Roux
放在一起。可以看出现在有两个完全相同的预测结果。
? 双击其中一个会打开一个参数对话框，选择A + B，单击同意。此时在分析窗口上，相
应的区域由于计算参数的改变立即发生相应变化。 现在你可以比较两个参数计算结果的差别。（注：此时，如果你把最初的方法再用于分析窗口，则改变的参数自动应用于新加入的方法。）
优化结果显示（与GeneQuest相似，这里省略） 使用蛋白酶消化与SDS PAGE电泳
Protean可以识别蛋白序列上的蛋白酶酶切位点，并将酶切片段的电泳结果以图形展示出来。
? 从More Methods菜单中将
Protease-Protease Map方法移动到方法帘。
? 单击挨着方法名字的蓝色三角形
查看蛋白酶一览表。点击方法左边的空白区域去除对蛋白酶的选择。 ? 选择“Chymotrypsin”和“CNBr.”，
将它们拖入分析窗口。
两种蛋白酶的识别位点显示如右。现在至少一种蛋白酶被应用，我们可以模拟凝胶分离。
? 单击调色板工具中的范围选择器
（Range Selector）（箭图标）去除对应用的蛋白酶方法的选择。
? 从SITES & FEATURES 菜单，选择SDS PAGE Gel
Simulation。酶切片段的分离结果会自动显示出来（如右）。在每个上面凝胶柱对应蛋白酶的名字和分子量。
? 当光标在凝胶上面移动时，你可以随时查看到相
应位臵的蛋白质分子量。移动光标到任何片段上。窗口最上边的标题显示片段的范围，大小，分子量，等电点和HPLC滞留时间。
? 为了继续一节，关上SDS PAGE Gel Simulation
窗口。
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Features注释（与GeneQuest中讲解的相似，这里从略）
进行BLAST检索
Protean允许你通过因特网或企业内部互联网进行序列数据库检索。
在这一节中，我们将在NCBI的BLAST服务器上检索与人的钙调蛋白序列相似的序列。注意电脑必须与因特网相连接，否则，跳过这一的部分，继续下一部分。
? 单击调色板工具中的范围选择器（箭图标），在序列上选择你想进行检索的部分。由于
我们的序列比较短，所以我们选择全序列进行比较。 ? 从EDIT MENU选择Select All。
? 从网络检索菜单，选择BLAST查找。
BLAST对话框出现（如左），默认的数据库是nr。
? 单击同意开始查找。
BLAST结果显示为一个二分窗口（如下，结构、内容与相关操作参见GeneQuest
的BLAST结果）。
现在我们选择三个BLAST序列，在Protean中打开他们。 ? 在BLAST结果窗中选择一个结果。
? 单击Create Document，保存对话框窗
打开（如左）。从保存的下拉菜单选择Next（默认为Selected）。
? 在“Sequences.”的左边文本框输入数
字“3”。
? 单击同意，打开三个新的选定序列的
Protean的分析文件。 现在关上BLAST结果窗。
二级结构模拟
Protean能够展示诸如螺旋轮，螺旋网和beta片层等基本元件的二级结构。另外， 它能以线性的space-fill样模型或者化学公式样模型展示蛋白质序列。在这一节中，我们做一个
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阿尔法区域的螺旋轮二级结构。二级结构Garnier-Robson方法已经应用于我们序列，阿尔法螺旋也已展示出来。选定其中的一个阿尔法区域后，我们就能以螺旋轮展示其二级结构。 ? 单击调色板工具中的范围选择器（箭图标）。
? 点击Protean文件最上边的Garnier-Robson分析结果中的一个阿尔法区域。
? 从分析菜单，选择Model Structures中的Helical Wheel，就会出现左边的二级结构
预测图。
为继续这一节，关上螺旋轮窗口。 展示滴定曲线
下面，我们将查看全蛋白质序列的滴定曲线。
? 单击Protean’s调色板工具右边的
白色空间。这使得选择回到起始位臵，如果没有选中的序列，在绘制滴定曲线时，Protean就会默认是对全序列进行计算。
? 从分析菜单，选择Titration Curve。 ? 打开序列的滴定曲线窗口（如上）。Protean会在等电点处加一个蓝色的“crosshairs”，
以显示pH和所带电荷。
保存分析的文件（略）。
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