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EditSeq的使用方法 EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。
EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外， 序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。
序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外， EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。
如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@dnastar.com，或者经http://www.dnastar.com.
打开已有序列
我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。
假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用Set Ends命令去除5’和3’污染序列。
? 从文件菜单（FILE MENU），选择Open。
? 打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。
? 单击位于对话框右下角的Set Ends按钮。Set Ends被打开（如右）。 ? 在5’框和3’框中键入50和850，点击OK。单击
Open打开序列。
当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的801 bp的片段。Set Ends选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。
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寻找开放读框
在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。
? 从SEARCH MENU找到ORF，点击打开会
出现右边的对话框。 ? 单击Find Next寻找第一个ORF的位臵。
? 继续点击Find Next直到你把ORF的位臵选定在位臵183-455。ORF的坐标会出现在
EditSeq窗口的顶端附近。
DNA序列翻译
这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。
? 选定ORF，从
GOODIES MENU菜单中选择翻译（Translate）。 ? 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中
（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。 使用其它遗传密码
根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成Ciliate Macronuclear密码 。
? 从GOODIES MENU菜单选择Genetic Codes打开，子菜单显示如下。
? 单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传密码的转换，EditSeq现在使用的就是
Ciliate Macronuclear的遗传密码。 ? 同样可以将遗传密码转换为其它类型。
遗传密码的编辑
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这一节中我们修改Ciliate Macronuclear的遗传密码。
? 从GOODIES MENU菜单选择Edit Selected Code。这将打开右面的窗口，窗口显示遗传
密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。 ? 如以DNA形式展示密码，点击DNA按钮。
? 编辑时，单击任何要编辑的密码，从其目前的位臵拖到新氨基酸对应的位臵则可。 ? 如使用不同的启始密码子，单击Set Starts按钮。第二的遗传密码窗就会被打开，可
以进行起始密码子选择。
? 单击任何氨基酸（或者codon位臵），该密码子就会变成绿色，而且旁边出现一个箭头，
它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。
序列的反向互补及反向转换
下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。 ? 选定序列。 ? 从GOODIES MENU菜单，选反向互补序列（Reverse Complement），或者把序列颠倒过来
（Reverse Sequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。
BLAST检索
下面我们将在NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比较。注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。 ? 选定序，或者从EDIT菜单中选择Select All。 ? 从网络检索菜单（NET SEARCH MENU），
选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。
? 程序默认为blastn，数据库默认是nr，
参数转换请参照帮助。 ? 单击OK开始查找。
? 寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名
字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结果。有关“score”和“expectation”的详细的信息在NCBI’s网点——http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.——可以找到。一般来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相似性。
? BLAST结果窗最上边的3钮被
用来打开，或者保存检索到的
序列，或者让你了解更多的有关信息。
下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高的5序列开始：
? 单击Create Document。一个小的对话框
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出现。
? 在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。单击下拉菜单，选顶端（Top）。并在右
面的文本框中写入5。
? 单击OK，EditSeq自动查对多余序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一个，请点击
OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开一个单独的EditSeq窗口。
下面我们用“Batch Save”钮将3-10序列保存为EditSeq文件：
? 选定从顶端起第3个序列。单击Batch Save。小的灰色的对话框出现。 ? 单击下拉菜单，选Next。并在右面的文本框中写入8。 ? 点击Set Location，显示文件夹对话框。
? 选定你要保存序列的位臵。单击OK回到灰色的对话框。 ? 单击OK保存序列，文件扩展为“.seq”。在下载过程期间，EditSeq自动查对重复的序
列。如果EditSeq提示至少2序列是同一个，请点击OK。 ? 除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。
最后我们可以使用“Launch Browser”钮查看序列的详细信息 ? 选定序列。
? 选择Launch Browser。 ? 你的网络浏览器将打开
右面的窗口。
序列信息查看
现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。 ? 选定序列的一部分。如
果你倒是希望全选序列，从EDIT MENU菜单，选择Select All。 ? 从GOODIES MENU菜单，选DNA Statistics。
就会出现右面的窗口，显示序列信息。
序列校读
在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能
这功能能帮助你校正测序胶中的错读。 ? 选定序列。
? 单击校对发音图标（序列窗口底部张开的
嘴），或者从SPEECH MENU，选Proof-Read Sequence。
? 电子的音声就会开始朗读所选的序列。（注：如果你听不见任何声音，检查你的计算机
的喇叭是否已经打开。）
? 要改变音声read-back的速度，从SPEECH MENU菜单，选择Faster or Slower。
? 要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECH MENU菜单，选择Proof-Read Sequence。
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