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5.2 数值分类(numerical taxonomy) (1) 数值分类法：
通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。
取代等级分类中特征对于分类的不同水平，数值分类在对于所有的特征都等量处理的基础上，进行生物之间的相似性的比较。 (2) 数值分类五个步骤：
①确定分类单位和选择分类特征。数值分类最低等级的分 类单位称操作分类单位(OUT, operational taxonomic unit)，OTU可以是菌株，也可以是种或属等。OTU确定后即选择分类特征，数值分类要求特征函盖面广, 数目多(50-100以上); ②进行特征测定或从文献中收集有关OTU的各项特征的资料；
③根据所编制的计算机程序要求，将特征资料进行编码、标准化并输入计算机； ④由计算机计算各OTU之间的相似性并根据相似性的数值进行聚类分析、分群归类； ⑤输出分类结果。树状谱图法. (3) 数值分类的比较方法： 匹配系数方法
（matching coefficient method） 相似系数方法
（similarity coefficient method）
匹配系数对于2个比较菌株都是阳性或都是阴性的特征计算在内，而相似系数不计算2个比较菌株都是阴性的特征，该方法认为如果对于2个比较菌株而言，都是阴性的特征根本就是不合适的比较特征。
大量的数值分类系统采用相似系数方法。
(4) 数值分类的优点和局限:
? 存贮、分析、处理极为错综复杂的庞大数据;
新疆师范大学生命科学学院2013级研究生 阿娜古丽。纳麦提 2013-12-25
? 自动输出鉴定结果; ? 工作效率高;
? 奠定了微生物鉴定的快速、准确、自动化的基础。
? 局限: 计算机用于微生物鉴定严格说目前应是辅助鉴定，因为它不能代替人进行微生
物特征的试验，而取得原始数据资料。
分类是认识客观事物的一种基本方法。
我们要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：分类、鉴定、命名
这也是分类学的具体任务。
分类：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，
新疆师范大学生命科学学院2013级研究生 阿娜古丽。纳麦提 2013-12-25
根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。 (根据现有数据建立系统的过程)
鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。 (分类系统建立过程中的步骤之一) 一、分类单元及其等级 界 门 纲 目 科 属 种
常用的微生物分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。 如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
2）菌株(strain)：表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒颗粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。
从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株； 菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的不同分为不同的噬菌型等
菌株与型的区别：
菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据； 不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。 4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元和分类等级。
高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准
微生物的种：一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种有明显差异的菌株群。
在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作具体的代表，该典型菌株就是该种的模式种。
5）亚种（subspecies）：是进一步细分种时所用的概念。指除某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种。 6）新种（species nova）：指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。
7）模式菌株（type strain）：一个微生物种的具体的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株传代而来，理应与原初的描述完全一致的纯培养物。 二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示
新疆师范大学生命科学学院2013级研究生 阿娜古丽。纳麦提 2013-12-25
属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写
种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示.
例如 Bacillus sp 细菌分类
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准，为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念” 种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）；
属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
三、常用微生物分类鉴定的方法 微生物分类鉴定方法 细胞的形态和习性水平 细胞组分水平 蛋白质水平 核酸水平
从不同层次(生态的、群体的、细胞的、分子的)，用不同学科 (生态学、化学、物理学、遗传学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生物的群体、细胞、细胞组分或代谢产物的区别，从中发现的反映微生物类群特征的资料。 在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料， 都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
（一）形态学特征
细胞形态及其染色特性、菌落特征、特殊的细胞结构、运动性、等等 微生物分类和鉴定的重要依据之一：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
（二）生理生化特征?
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关 酶及蛋白质都是基因产物
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多 营养类型、酶、代谢产物等；
生长温度、与氧、pH、渗透压的关系； 宿主种类、与宿主的关系； 免疫特性
（三）核酸的碱基组成和分子杂交
新疆师范大学生命科学学院2013级研究生 阿娜古丽。纳麦提 2013-12-25