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多发性骨髓瘤（Multiple myeloma, MM）
多发性骨髓瘤（MM）是一种恶性浆细胞病，其肿瘤细胞起源于骨髓中的浆细胞，而浆细胞是B淋巴细胞发育到最终功能阶段的细胞。
■临床方向 ■细胞通路方向 ■基因组or蛋白组方向
1. ■Lancet -- 2014 -- Multiple Myeloma
这篇文章是对该疾病临床方向的简介。从流行病学上，在欧洲和美国，发病率约为十万分之六每年；发病年龄中位数为69，四分之三以上患者年龄在55岁以上，三分之二为男性；发病后生存时间约6年。从发病机理上，该病主要是脊髓、免疫系统微环境产生变化；然后产生骨髓瘤前体；然后多发性骨髓瘤细胞不停克隆、进化引起疾病。
另外介绍了该病的症状、诊断方法，还有主要治疗方法。
2. ■Leukemia -- 2003 --
The hepatocyte growth factor/Met pathway controls proliferation and apoptosis in multiple myeloma. 这篇文章是较早研究清楚MM肿瘤增殖和细胞凋亡通路的文章。 材料：病人MM细胞系和髓外浆细胞细胞系。
实验步骤：首先证明MM细胞中MET的表达。之后证明HGF的介入会影响MM细胞的增殖和凋亡。最后证明了HGF介导的MM细胞增殖是依赖于PI3K和MEK-1的，同时要逃离凋亡过程也需要PI3K。（实验方法主要是western blot、免疫染色、MACS磁性细胞分选和 FACS流式细胞仪分选）
结论：HGF（肝脏生长因子）通过影响其受体Met从而介导了MM细胞的增殖和细胞凋亡的逃离，同时这样的过程需要PI3K的激活作用。因此，本文首先证明了骨髓微环境对MM的作用，同时指出HGF/Met通路可以作为MM的治疗靶点。
3. ■Blood -- 2009 -- Identification of microRNA expression patterns and definition of a microRNA/mRNA regulatory network in distinct molecular groups of multiple myeloma. 材料：54 untreated patients (48 MMs and 6 plasma cell leukemias [PCLs]) 实验步骤：测了多组MM细胞和PCL细胞以及NC（正常对照组）的microRNA芯片和基因表达芯片。根据芯片结果以及MiRBase数据库预测两者靶标关系，构建出miRNA和基因的调控网络。用qRT-PCR对某些重要miRNA的表达进行定量验证。
结论：通过MM的miRNA和基因表达谱的研究，构建了该疾病miRNA和基因调控网络，找到了一些重要的miRNA和基因，如：let-7b、miR-140-3p等。 另外证明small RNA对MM作用的几篇文章：
■ Pichiorri F, Suh SS, Ladetto M, Kuehl M, Palumbo T, Drandi D et al.
MicroRNAs regulate critical genes associated with multiple myeloma pathogenesis. Proc Natl Acad Sci USA 2008; 105: 12885–12890.
■ Lionetti M, Agnelli L, Mosca L, Fabris S, Andronache A, Todoerti K et al. Integrative high-resolution microarray analysis of human myeloma cell lines reveals deregulated miRNA expression associated with allelic imbalances and gene expression profiles. Genes Chromosomes Cancer 2009; 48: 521–531
4. ■Leukemia -- 2014 -- Circulating miRNA markers show promise as new prognosticators for multiple myeloma. 材料：54个MM样本的miRNA Nano String表达谱结果
实验步骤：筛选出在至少20%以上的样本中表达超过阈值的25个miRNA。用定量real-time PCR来监控这些miRNA的表达量。用单变量Cox回归模型来评估miRNA的持续表达对存活率和无病生存时间的影响。
结果：（这篇文章很短，我没怎么读懂，你自己看吧）
5. ■Cancer Inform -- 2014 -- Integrated analysis of whole-genome paired-end and mate-pair sequencing data for identifying genomic structural variations in multiple myeloma 实验数据：三组MM细胞系的15xPE数据和5xMP数据（MP数据insert size为3k）。 实验方法及结果：用BWA比对hg19，用SVfinder软件鉴定SV，最后找到了一些MM中novel的SV。
6. ■BMC Genomics -- 2014 -- Identification of proteins found to be significantly altered when comparing the serum proteome from Multiple Myeloma patients with varying degrees of bone disease 实验材料：41个无骨科疾病的人、49个有严重骨类疾病、21个有MM或单克隆丙种免疫球蛋白病（MGUS）的患者。
实验方法：测这些患者的质谱数据，比对后找出差异的蛋白质，利用string数据库分析这些蛋白，找出重要的蛋白，尤其是对MM重要的蛋白进行分析（Box and whisker plots和AUC 分析）。最后进行验证。
实验结果：对蛋白C4和血浆中paraoxonase/arylesterase 1的酶联免疫吸附试验的结果表明这些蛋白与骨类疾病很相关，可能可以在临床上对骨科疾病有评估作用。
7. ■■BMC Med Genomics-- 2014 --Translating a gene expression signature for multiple myeloma prognosis into a robust high-throughput assay for clinical use 这篇文章主要讲一种临床上MM的基因预测方法，叫GEP70（70-gene signature of aggressive disease），也叫MyPRS （Myeloma Prognostic Risk Score）。这种方法通过70个标签基因的表达计算risk score，风险得分值可以将患者以生存时间显著分开。（文章里列出了关于这种方法的所有文章。）这篇文章是分析了追踪了12个月的MM患者以及对照组的GEP70结果，最终证明了在有高通量流式细胞仪筛选和芯片表达谱的实验条件下，将这种方法是高通量预测MM（包括预测得病的生存期和复发）的有效手段。 8. ■Cancer Inform -- 2014 -- Bayesian Joint Selection of Genes and Pathways Applications in Multiple Myeloma Genomics 其他：
■RNA interference screening identifies lenalidomide sensitizers in multiple myeloma, including RSK2.
在MM细胞中，加大药物用量，用很多siRNA来进行筛选，看哪些基因会影响该药物的致敏性。
■The Analysis of the Relationship between Multiple Myeloma Cells and Their Microenvironment.
20个病人和健康人的细胞，先对其骨髓间质干细胞（MSC）分为有MM的和正常的，然后看两种MSC基因表达差异（由qPCR看的某几个特定基因表达差异）。另外发现有无MFB（membrane microfragments）也对有MM的MSC的基因表达有影响，并证明了MFB通过影响wnt通路来造成影响的。
■Blood -- 2014 -- Differential and limited expression of mutant alleles in multiple myeloma
最近研究描绘了MM的变异图谱，并发现每个病人携带变异的中位数为52个，同时还发现了一系列MM病人的常见变异。在这篇文章中，他们对部分病人的RNA进行了深度测序，来估计被表达的变异的比例。最后发现绝大多数之前鉴定到的基因内的突变都几乎没有表达。平均27%的突变allele都是表达的，但在这些表达的突变基因中，一般都有被抑制的allele。在MM中存在的allele差异表达凸显了RNA-seq对研究这些疾病的重要作用。