发布时间 : 星期二 文章MEGA3 指南更新完毕开始阅读
2005-9-24 6:58:00
在这一部分我们将以11 个果蝇的Adh 序列为例来说明各种序列统计指标的计算；此外， 我们还要演示在各种纸张大小、精确度、相对距离位置及其标准误选项下如何以各种不同的 格式输出这些距离。
Ex 2.0.1：启动MEGA3。
Ex 2.0.2：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活Drosophila_Adh.meg 。 Ex 2.1.1：选择“Distance | Compute Pairwise” 启动距离分析对话框。
Ex 2.1.2：设置选项中的“Models”下拉菜单中选择“Nucleotide | p-distance” ，开始运算。 Ex 2.1.3：运算过程中将显示进程，结果在新窗口中显示。 下面我们将演示其它一些运算方法。
Ex 2.2.1：选择“Distance | Compute Pairwise”，“Models” 下拉菜单中选择“Nucleotide |
Jukes-Cantor” ，开始运算。
Ex 2.2.2：依Ex. 2.1.1- Ex 2.1.3 步骤可进行Tamura Distance 运算。 Ex 2.2.3：用户可以同时打开三种运算结果，进行比较。 Ex 2.2.4：比较结束后选“File | Quit Viewer” 退出。
下面我们将演示如何计算氨基酸差异的比率；MEGA 可以根据所选定的遗传密码表自
动将核苷序列翻译成氨基酸序列。
Ex 2.3.1：选择“Distance | Compute Pairwise” 启动距离分析对话框。
Ex 2.3.2：设置选项中的“Models”下拉菜单中选择“Amino Acid | p-distance” ，开始运算。 Ex 2.3.3：运算过程中将显示进程，结果在新窗口中显示。 Ex 2.2.4：比较结束后选“File | Quit Viewer” 退出。
3. 系统树建立、以及从核苷序列中选择OTUs
Crab_rRNA.meg 文件中含有来源于不同crab 物种的线粒体rRNA 基因大亚基核苷序列 （Cunningham et al. 1992）。rRNA 基因只转录而不翻译，所以我们将其称为非编码的基因。 我们将用该数据展示如何用“Data”和“Phylogeny” 菜单下的选项来建立系统发育树和序列编 辑。
Ex 3.0.1：启动MEGA3。
Ex 3.1.1：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活Crab_rRNA.meg 。 首先我将建立一个neighbor-joining 系统树。
Ex 3.2.1：选择“Phylogeny | Construct Tree | Neighbor-Joining” 启动分析对话框。 Ex 3.2.2：在“Model” 下拉菜单中选择“Nucleotide | p-distance” ，开始运算。 Ex 3.2.3：运算过程中将显示进程，系统树将在“Tree Explorer” 中显示。
Ex 3.2.4 ：用鼠标左键可以选择定一个分支，用鼠标右键可对选定分支进行编辑；双击
OTU labels 可进行编辑。
Ex 3.2.5：在“View | Tree / Branch Style” 可以改变分支式样。
Ex 3.2.6：利用“Tree Explorer” 左侧一列按钮可以对系统发育树进行调整。 Ex 3.2.7：利用“Tree Explorer” 上一行按钮可对系统树分支表现方式进行更改。 勿关闭屏幕上树，下面我们将演示如何打印该树图。
Ex 3.3.1 ：将要打印的系统树限制到一张打印纸内（可通过复制到剪贴板，在其它字处
理软件的打印预览模式中调整），选择“Tree Explorer” 中的“File | Print in a Sheet” 或“File |
Print”。
Ex 3.3.2：选择“File | Exit Tree Explorer” 退出“Tree Explorer” 时会提示保存，确认后退出。
下面我们演示用MEGA 建立“branch-&-bound search” 条件下的最大简约（MP）树。 Ex 3.4.1：选择“Phylogeny | Construct Tree | Maximum Parsimony” ，并在出现的搜索对话
框中选择“Max-Mini Branch-&-Bound” ；开始运算。
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Ex 3.4.2：运算过程中将显示进程，系统树将在“Tree Explorer” 中显示。
Ex 3.4.3 ：将要打印的系统树限制到一张打印纸内（可通过复制到剪贴板，在其它字处 理软件的打印预览模式中调整），选择“Tree Explorer” 中的“File | Print in a Sheet” 或“File | Print”。
Ex 3.4.4：选择“File | Exit Tree Explorer” 退出“Tree Explorer” 时会提示保存，确认后退出。
下面我们将演示MEGA 的一些数据编辑特点。对非编码序列数据而言，OTUs 和位点 均可以用于分析；在本例子中，我们将把第一个OTU 从当前数据组中排除。
Ex 3.5.1：选择“Data | Setup / Select Taxa & Groups” 。
Ex 3.5.2 ：在出现的对话框中左侧一栏显示所有OTU 均被选定；取消第一个OTU 的选 定标记，该序列在后续分析中将不出现。
Ex 3.5.3：构建neighbor-joining 系统树后我们会发现其中只有12 个OTU ，而不是13 个。
关闭该数据组，结束本进程。
4. 检验获得的系统树的可靠性
在这一部分我们将以9 个物种叶绿体基因组蛋白编码基因为材料，进行两种不同的检 验。
Ex 4.0.1：启动MEGA3，并激活Chloroplast_Martin.meg 。
我们先对NJ 树进行自展检验。
Ex 4.1.1：选择“Phylogeny | Bootstrap Test of Phylogeny | Neighbor Joining Tree” 。
Ex 4.1.2：在“An analysis preferences” 对话框的“Model” 中选择“Amino Acid | p-distance”， 开始运算。
Ex 4.1.3：运算过程中将显示进程。
Ex 4.1.4：运算完成后“Tree Explorer” 中将显示两个套嵌窗口；第一个显示原始的NJ 树， 第二个显示自展一致树。
Ex 4.1.5 ：用户可以选择“Tree Explorer” 中的“Compute | Condensed Tree” 来显示密集树
（condensed tree）；该操作将显示所有获得大于默认阀值（cutoff）（BCL≥50）支持的分支。 用户可以选择“View | Options” 对阀值进行修改，并通过“Cutoff” 来显示修改后的密集树。
Ex 4.1.6：打印该树。
Ex 4.1.7：退出“Tree Explorer” ，确认保存树数据。
对于NJ 树而言，用户可以通过“Phylogeny | Neighbor-Joining” 对每一个内部分支进行标 准误检验。在MEGA 中，这种检验对氨基酸序列的p-distance 、Poisson Correction 和Gamma distance 等选项下的运算结果均适用。下面我们将用相同的距离估计方法来比较自展和标准 误检验结果。
Ex 4.2.1：选择“Phylogeny | Construct Tree | Neighbor-Joining” （或者选择“Phylogeny | Interior Branch Test of Phylogeny | Neighbor-Joining Tree” ）启动分析对话框；在“Model” 下拉
菜单中选择“Nucleotide | p-distance” ，在“Test of Phylogeny” 选择“Interior Branch Test” ；开始 运算。
Ex 4.2.2：运算过程中将显示进程，显示支长标准误置信概率（confidence probabilities， CP）的系统树将在“Tree Explorer” 中显示。
5. 基因和域的操作和分析 Ex 5.0.1：启动MEGA3。
Ex 5.0.2：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活Contigs.meg 文件。 下面我们将演示如何对基因和域进行定义和编辑。
Ex 5.1.1：选择“Data | Setup / Select Genes & Domains” 。 - 16 -