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五．Selecting and Displaying 选择 Display---show H-bonds， 或者先选择 Tool---Compute H-Bonds,再选择 Layers Info 中的 Hbnd，H 键就会以绿色的形式表现出来。如下图： (1a4f) 如果想进一步查看 H 键的长度，可以选择 Display-------show H-bonds distances, 或者直接点击 Layers Info 中的 Hdst,氢键的长度就会被标出。 蛋白质常见的 20 种氨基酸，如果想查看在蛋白质中想要的氨基酸，比如半胱氨 酸（Cys）,可以选择 Select------Group kind-----Cys(c) . 以 1t1k.pdb 为例，得到了 3 个 Cys(黄色表示硫原子) 1t1k.pdb Group kind 中还有 ATCGU （这是针对核苷酸序列的）按照同样的方法，也能得 到想要的部分。 Select------Inverse selection 是反向选择：当前选中的部分变为未选中的部分；同 时原来未选中的部分变为选中的部分。 Select-----Group Property 中有 4 个选项： Basic ;Acidic ;Polar ;non Polar (它们分别 是选择碱性、酸性、极性、非极性氨基酸)。 以 1hew 为例，共含 203 个氨基酸，见下图： (碱性氨基酸有 18 个) (酸性氨基酸有 9 个) (极性氨基酸有 37 个) (非极性氨基酸有 65 个)
六．Coloring Swiss-PdbViewer 提供了多种对模型染色的方式。在分子模拟中，不同的颜色可 以用生动、直观的形式来展示分子结构和化学结构的不同特点，帮助理解分子的 复杂结构 。 以 1t1k.pdb 为例 注： 1t1k,human insulin mutant His-B10-Asp Val-B12-Ala Pro-B28-Lys Lys-B29-Pro， 含 53 个氨基酸，有两条链。 (一).Color---Secondary Structure 将螺旋部分（helix）标记为红色，
折叠部分(strands)标记为黄色，无规卷曲（coil） 标记为灰色，如下图： 1t1k.pdb (二).Color--- Secondary Structure Succession Secondary Structure Succession 能将整个序列的每个二级结构用不同的颜色显 示出来，第一个二级结构用紫色，最后一个用红色，中间的二级结构用在可见光 谱（400nm-700nm）的各种不同的颜色显示出来。这样可以更清楚的看到从氨 基端到羧基端二级结构间的顺序。 如下图： 1t1k.pdb (三).Color---by Chain 用于区分含有多条链的结构，不同的链 用不同的颜色表示出来（1t1k .pdb 中一 条 alpha 链和一条 beta 链）黄色的表示 alpha 链，蓝色的表示 beta 链。 如下图： 1t1k.pdb (四).Color---by Type 对结构模型染色的依据是残基的化学类型：带正电的用蓝色表示；带负电用红色 表示；不带电的用黄色表示；无极性的用灰色表示。 如下图： 1t1k.pdb (五).Color---by Accessibility 在结构中每个氨基酸残基与周围溶剂接触程度的多少决定了残基的颜色。 与溶剂 接触最少的是蓝色，完全露在分子表面的是红色，接触介于 2 者之间的，用蓝色 和红色中间的颜色表示，如蓝绿色和洋红色。 如下图： 1t1k.pdb (六).Color ---by CPK 将所有残基集团的颜色恢复到标准状态： 原子用白色表示； 原子用红色表示； C O N 原子用蓝色表示；S 原子用黄色表示。 如下图： 1t1k.pdb (七).Color--- B Factor 模型中的颜色取决于 B 因子（或称之为温度因子） 。对于一个原子来说，B 因子 指的是该原子在一般（平均化了的）模型的位置与在其他模型的位置间的平均距 离，可反映分子各部分的摇摆性或活动性。 因此，可以利用
B 因子来判断其他模型与一般模型的一致性。若在所有测得的 模型中该原子的位置变化不大是固定的，则以深蓝色显示；若在所有测得的模型 中该原子的位置是不确定的或者说摇摆性很大，则以红色表示。 如下图： 1a4f-α 1t1k
七．Measuring and Labeling 在分子结构中，将分子结构放置到合适的位置，可以测量 2 点之间的距离、相邻 3 个原子的角度以及相邻 4 个原子的二面角。同时可以在图上标注出来。 点击图标 ，选取任意两点，即可测得这两点间的距离。 点击图标 ，如想测得三个相邻原子的夹角，先点击角的顶点，再点击余 下两点，即可测得夹角值。 以 1t1k.pdb 为例来说明二面角的测量， 选取 beta 链中的 12Ala， Ctrl+ 依次选取相邻的 4 个原子，测得二面角为 156.40°。如下图所示： ， 为了验证测得的二面角是否正确，可将模型旋转，当转到某一角度时 2，3 点重 合，这时形成的角即为二面角或其补角，如下图所示： 黄线标注的即为二面角补角。如果发现测量的数据不是你想要的，可以清除,重新测量： 选择：Display-------Label kind---------Clear User Labels（快捷键“Alt”+“-”。 ）
八．Mutating and Changing Side-Chain Conformations 在这一部分里，我们以 1HEW 为例，将 98ILE 突变为 98GLN，然后再研究是否 这个新的残基会与 tri-NAG 形成多的氢键。 注： 1HEW(鸡蛋白溶菌酶 HEN EGG WHITE LYSOZYME)， 内含有 tri-NAG(三聚 氮乙酰葡萄糖)。 首先： display and center the complete model 1HEW in CPK colors display H-bonds restrict the display to tri-NAG
and groups within 7 angstroms of tri-NAG display only H-bonds to tri-NAG 如下图所示： 98ILE也在显示范围内，并且 它的侧链朝向tri-NAG的方向， 所以可以作为蛋白质工程改造 的备选因子。 选择 mutate,点击 98ILE 上的任一原子，如下图所示： 选择突变为 GLN，是因为 GLN 具有长的侧链，有接受或贡献 H-bond 的能力。 如图所示， 当突变为 GLN 后， 98GLN 的氮原子上的氢与 201NAG 上第三位氧原 子形成氢键。 检测侧链可能形成的不同构象。 可以通过键盘上的*控制，也可以点击 mutate 按钮下的箭头。 每次点击，Deep View 都会显示一个不同的构象，粉色虚线表示可能与其他原子 产生碰撞，绿色虚线表示会形成潜在的 H-bond。从图中可以看出，98GLN 的氮原子与色氨酸 Trp 会产生碰撞，要找到一种构象 既可与 tri-NAG 形成 H-bond，也不会与其他残基发生碰撞。 注意这时 mutate 按钮仍然是黑色， Click the button again and click Accept to keep the new GLN residue in the conformation you selected. 改变构象看新的侧链是否会与其它的原子相连，选择 TORSION 点击 98GLN 的 任一原子。 每次点击黑色箭头，都会自动生成新的构象。也可通过控 制键盘的数字键来进行手动调节。如下图所示： 98GLN 只与 201NAG 形成氢键 98GLN 可与 201NAG,202NAG 形成氢键 98GLN 可与 201NAG 形成 2 个氢键 注意这时 TORSION 按钮也为黑色， 注意：在使用 MUTATE 时，Deep View 只显示实际构象，但使用 TORSION 时， 不会检查改造过的侧链构象是否真实，会产生化学上不可能的构象。 实际