发布时间 : 星期二 文章生物信息学课程论文.doc更新完毕开始阅读
[键入文字]
生物信息学结课论文
[键入文字]
平均S值 平均D值
1-10 1-10
0.211 0.183
0.450
NO
结果表明：
由图 8.1可知，C 值最大切割点在第36个氨基酸位置，分值为0.163，综合剪切点分值（Y 值）最高值在第11个氨基酸位置，分值为0.151，信号肽最大分值（S 值 ）在 第5个氨基酸位置，为0.289，信号肽区域的平均S值为0.211，平均D值为0.183。因此判断 WRKY26 编码的蛋白质没有信号肽，分析结果也显示不存在信号肽。可以推测番茄WRKY26基因在游离核糖体上起始合成后，可能不进行蛋白转运，而是保留在细胞质基质中属于非分泌性蛋白。
九.跨膜结构域分析
跨膜结构域常常是由跨膜蛋白的效应区域所展现。一般由 20 个左右的疏水性氨基酸残基组成，主要形成α-螺旋。
图9.1 跨膜结构域分析
WEBSEQUENCE Length: 535 WEBSEQUENCE Number of predicted TMHs: 0
WEBSEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 0.00205 WEBSEQUENCE Exp number,first 60AAs: 0.00205 WEBSEQUENCE Total prob of N-in: 0.00044 WEBSEQUENCE TMHMM 2.0 outside 535
结果分析：
根据图9.1所示：没有跨膜结构域。无跨膜区，蛋白全部在膜外。曲线的纵坐标是概率，横坐标是序列，一共535个氨基酸。红色表示跨膜区，几乎为零，蓝色表示在膜内部概率，其概率为零；紫色细线表示在膜外的概率，几乎100%。表明，WRKY26编码的整条肽链都在细胞膜的外面，不具跨膜结构域。
结合上述信号肽的预测，可以推测出WRKY26编码的蛋白质在细胞质基质中合成后，很可能不进行转运，而是继续留在细胞质中行使功能。
十．亚细胞定位
9
[键入文字]
生物信息学结课论文
[键入文字]
亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。使用TargetP 1.1 Server分析信号肽。
表10.1亚细胞定位分析结果
Name
Sequence Cut off
Len mTP（线粒体） SP（信号肽） Other Loc RC
0.174 0.000
0.094 0.000
0.625 _ 3 0.000
535
表10.2亚细胞定位分析结果
Name Len cTP mTP SP other Loc RC
（叶绿体） （线粒体）（信号肽）
P11043_has_a_very_ve 516 0.873 0.012 0.004 0.320 C 3 P07505 266 0.330 0.047 0.004 0.444 _ 5 P12360 246 0.580 0.119 0.210 0.089 C 4 P12352 97 0.397 0.555 0.014 0.150 M 5 Q01289 399 0.733 0.017 0.031 0.462 C 4 P08817 129 0.844 0.092 0.089 0.015 C 2 P07263 546 0.400 0.380 0.075 0.020 C 5 P07597 117 0.005 0.095 0.967 0.006 S 1 P48786 1088 0.199 0.070 0.067 0.822 _ 2 Q01238 102 0.420 0.277 0.033 0.164 C 5 P35334 342 0.055 0.010 0.968 0.041 S 1 P13086 333 0.053 0.905 0.045 0.034 M 1 cutoff 0.000 0.000 0.000 0.000
结果分析:
1）如表10.1结果所示：SP（信号肽）的值远小于1.0，所以不存在信号肽，与信号肽分析结果一致。mTP小于1，所以不在线粒体内。
2）如表10.2所示：位于Loc列的“C”表示位于叶绿体，序列包含了cTP即叶绿体转运肽；“M”表示位于线粒体，序列包含了mTP即线粒体靶向肽；“S”表示序列包含SP即信号肽；“-”表示位于其他的细胞器。RC用于评估预测的可靠度，RC大小是衡量最高输出分值和第二高输出的得分之间的大小区别（diff）。RC从1到5,1表示最强的预测，并且值越小表示预测越可靠。有5个可靠度,定义如下:
1 : diff > 0.800
2 : 0.800 > diff > 0.600 3 : 0.600 > diff > 0.400 4 : 0.400 > diff > 0.200 5 : 0.200 > diff
3）综合上述分析，P07597和P35334蛋白具有信号肽，P13086位于线粒体内。
十一.蛋白质三级结构分析
蛋白质的生物学功能是由高级结构决定的。对蛋白质高级结构的预测和分析，
10
[键入文字]
生物信息学结课论文
[键入文字]
有助于理解蛋白质结构与功能之间的相关性。使用SWISS PDB Viewer分析该蛋白质序列的三级结构。
图11.1 蛋白质三维结构图
结果表明:
该蛋白质有5个β转角区域以及一些无规则卷曲，没有α螺旋区域。
参考文献
[1] Pozueta-romero J,HOULNEG,CANAS L,et al.Enhanced regener-ation of tomato and pepper seedling explants for Agrobacterium-mediated transformation[J].Plant Cell Tissue and Organ Culture,2001,67:173-180.
[2] Van Roekel J S C,Damm B,Melchers L S,et al.Factors influencing transformation frequency of tomato[J].Plant Cell Rep,1993,12:644-647.
[3] Qiu Y P,Jing S J,Fu J,et al.Cloning and analysis of expression profile of
13SIWRKYgenes in rice[J].Chinese Science Bulletin,2004,49 (20):1860-1869.
[4]孙晓春，高永峰. 番茄SIWRKY23基因的克隆及其抗病性和耐盐性分析[J].中国农业学报，2014，16（5）：39-46
[5]McCormick S, Niedermeyer J. Leaf disctransformation of cultivated tomato usingAgrobacterium tumefaciens[J].PlantCellRep. 1986, (5): 81-84
[6]Sanford J C,Reisch B I,Reisch B I.Attempted pollen-mediated plant transformation employing genomic donor DNA[J].Theoretical and Applied Genetics,1985,69:571-574. [7] Qiu Y P,Yu D Q.Over-expression of the stress-induced OsSIWRKY45 Arabidopsis [J].Environmentaland Experimen-tal Botany,2009,1(65):35-47
[8] 赵红英,祝建波,王爱英,等.HARDY基因植物表达载体的构建及在番茄中 的遗传转化[J].西北农业学报,2009,18(5):232-236
[9] Hightower,Earle ED.An examination of factors affecting the efficice-ncy of Agrobacterium-mediated transformation of tomato[J].Plant Cell Re-ports, 1996, 16:235-240. 附录：检索工具
11
[键入文字]
生物信息学结课论文
[键入文字]
表12.1检索工具表
功能
BLAST检索 开放阅读框分析 同源性分析Pairwise blastp 同源性分析emboss_needle 同源性分析emboss_water 蛋白质序列理化性质分析 信号肽分析工具 跨膜区域分析 蛋白质三级结构预测
网址
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/orfig.cgi http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/BlastAlign.cgi https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/ https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/ http://web.expasy.org/protparam/
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-3.0/
http://www.sbc.su.se/miklos/DAS/
http://swissmodel.expasy.org/
蛋白质结构与分析 http://prosite.expasy.org/scanprosite/ 蛋白质亲疏水性分析 http://web.expasy.org/cgi-bin/protscale/protscal/ 本地生物信息学分析软件:MEGA5.2、Primer5.0、SWISS PDB Viewer
12