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高新技术企业专项审计业务执行中存在的主要问题
1.研究开发人员的判定。企业研发人员工资薪酬在整个研发费用中占有较大比重，因而，准确界定研发人员，对认定专项审计来说非常重要。但审计过程中，对企业研发人员的判定存在一定难度，有时很难判定究竟哪些人员属于研发人员。比如，许多企业未按部门核算工资，员工聘任合同中也未注明具体岗位。又比如，一些研发人员经常参与企业的日常生产管理，往往具有双重“身份”。企业研发人员不能准确划分，其人工成本就容易和企业其他人员的人工成本相混淆，从而给认定审计后续工作带来困难。
2.研发费用的归集与分配。一些会计师事务所在审计中发现，认定企业在研发费用的归集与分配上存在以下问题：
（1）研发费用未与其他生产经营支出相区分。不少企业没有专门的研发机构，研发费用与日常生产经营支出混在一起，未作任何区分。即使设有专门研发部门的企业，其研发费用也往往不单独核算、列示。也有一些企业将与科研项目有关联，但不能算作项目投入的支出直接归集到研发费用中。
（2）研发费用未按项目进行明细核算。一些企业没有建立与研究开发相关的内部控制制度，在研发费用的日常会计核算上，不少企业通常只设置研发费用总账，并未按研发项目设立明细账进行明细核算。但在出具认定专项审计报告时，需要提供每一个研究开发项目的具体研究开发费用金额。因此，在核定研发费用时，就需要对认定企业的研发费用重新按照项目进行分类核算，逐项加以认定，给审计人
员增加了不少工作量。同时，也对其专业胜任能力提出了很高的要求。尤其在企业高新技术项目较多的情况下，分项核算认定就显得更为繁琐。
（3）研发费用分配标准有时难以合理确定。在《管理工作指引》中，并没有给出研发费用在各项目间分配的具体标准。不少企业和事务所反映，研发费用分配标准的合理确定有时比较困难。主要体现在：①企业多个研发项目共用一些研发设备与仪器，折旧费用在各项目间的分摊依据不好确定。②企业存在多个研发项目，但没有研发人员明确的项目分工，也没有其详细的考勤记录，研发人员的人工支出在各项目间的分摊标准很难确定。③研发费用往往按人为估计的比例分摊，科学与否往往很难确定。由于研发费用在各项目间的分配存在较大的难度，不少认定企业在研发费用分配标准的具体确定上过于随意。 3.高新技术产品（服务）收入的确认。不少事务所反映，《管理工作指引》对高新技术产品（服务）收入的界定不够具体细致，只是明确了相应的概念，并未给出具体的确认标准。在执业过程中，高新技术收入的确认存在一定困难，尤其对高新技术产品收入往往拿不准。比如，中间产品（服务）收入是否属于高新技术产品（服务）收入；科技开发型企业收到的相关部门的课题经费，该如何确认收入。又比如，研发项目往往有许多辅助人员参与，其工资是否计入研发人员的人工成本。
另外，《管理办法》中提到，提出认定申请的企业，其高新技术产品（服务）收入应当占当年总收入的60%以上。但《管理办法》
并未阐明总收入的具体内涵（比如是否包括投资收益、补贴收入和营业外收入等），容易引发歧义。
4.《管理办法》和《管理工作指引》的某些规定有待商榷。企业收入增长可能会出现负数，如果评价企业增长的指标（如资产增长率、收入增长率）过于硬性化，可能使一些很有潜力的企业被拒之门外；在研发项目的技术判定上，讲述得不够具体、细致，对有关指标的计算也规定得比较模糊，审计人员较难判定企业的在研项目是否确为高新技术项目。
5.高新技术企业认定的宣传力度不够。由此造成的情况是：一方面，不少企业误认为高新技术企业认定的门槛较高而不敢申报。另一方面，企业对认定专项审计重视不够、不得要领，对相关政策的了解不够积极、主动。
高新技术企业专项审计材料清单
高新技术企业高新专项审计需提供（下面是2012年申请高新企业时专项审计清单）：
1、2009年、2010年、2011年12月31日资产负债表，12月份损益表，现金流量表，2009、2010、2011年度企业所得税纳税申报表(年报)
2、2009、2010、2011年三年的管理费用、营业费用、财务费用明细复印件
3、2011年高新收入对应的记账凭证后附原始凭证（及高新收入发票）的复印件。
4、公司章程、验资报告（含增资报告）、营业执照副本、税务登记证副本。如有变更，需提供变更前后的。技术监督局代码证书、银行开户许可证（核准件），租房合同。
5、2011年高新收入对应的供销合同、大额买卖合同等。 6、2009、2010、2011年的财务审计报告和2011年的税务审计报告（如有则提供）复印件。
7、专利权证书、著作权证书复印件（有几个提供几个，必须要全）
8、近三年立项报告含项目的名称、项目的起止时间、项目的内容
研发费归集在高新技术企业资格认定与加计扣除之间差异
——归集用途、归集要求、归集口径均不同
来源：中国税务报作者：余霞发布时间：2011-07-13查看：5344 《高新技术企业认定管理办法》、《高新技术企业认定管理工作指引》和《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》分别对高新技术企业认定和研发费加计扣除中研发费的归集内容和要求进行了规定。两者均涉及研究开发费用，但存在如下几方面差异。 一、归集用途不同。高新技术企业认定时，归集研发费的