发布时间 : 星期日 文章crystalmaker教程更新完毕开始阅读
5． Edit coordinates 编辑所选原子的坐标
Specify单选按钮：选择Direct Coordinates单选按钮，编辑单个选定原子的绝对位置坐标；
选择Relative Offset单选按钮，移动选定原子或原子团；
Basis单选按钮：选择Fractional Coordinates单选按钮，编辑晶体学坐标； 选择Orthogonal Coordinates单选按钮，编辑屏幕坐标； 通过设定x、y、z的数值进行编辑
6． Turn labels on 显示所选原子的标识
7． Labels to textboxes 编辑所选原子的标识
八． Selection—>bonds 编辑所选择原子相邻的化学键信息
1．Style 化学键的风格类型
可以对化学键的形式和颜色进行修改，最后点击ok即可。
Style的下拉菜单分别包括： Blank：空的
Dashed line：虚线 Dotted line：点线
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Dual-band cylinder：双色带状圆柱 Line：线状
Multi-band cylinder 多带状圆柱 Plain cylinder 平面圆柱
Rendered cyclone 三维渲染圆柱
Rendered Dual-band cylinder：三维渲染双色带状圆柱 Rendered Multi-band cylinder 三维渲染多带状圆柱 Striated cyclone 细纹状圆柱
2． Reset styles 重设化学键风格
九． Selection—>vectors 编辑所选择原子的向量信息
1．Add 在原子上添加矢量： (1) 选择原子或原子团；
(2) 选择Selection > Add Vector命令，出现对话框：
(3) 输入方向坐标[UVW]；
(4) 如果想要改变矢量的长度，选择Specify Length选项，输入一个长度值。 (5) 为矢量选择一个颜色；
(6) 选择From 或Through按钮选择一个矢量的样式； (7) 点击OK完成设置。
2．Edit Vector编辑原子矢量：
(1) 使用箭头工具选择一个或多个矢量； (2) 选择Selection > Edit Vector；
(3) 调整位向、颜色和矢量样式，点击OK键完成。
3．Delete Vector命令 删除原子矢量
十．Selection—>calculate centroid 计算选择的原子团边界到质心距离
选择原子团（黄色区域），执行Selection—>calculate centroid命令，得到距离。如：
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十一. Selection—>Center on selection 将选择的部分移到窗口正中央 十二. Selection—>make polyhedron 生成多面体的中心
Make Polyhedron命令会在已存在原子的质心生成一个新的位置，并在质心和顶点原子之间生成化学键。有了这些化学键，就可以显示多面体了。Make polyhedron命令有众多选项。用户可以选择至少两个原子或原子团，执行该命令，编辑质心原子的原子类型和位置标注；选择是否显示任何对称位置；选择在质心原子和顶点原子之间是否生成化学键，以及对称位置上是否也生成化学键。
Ⅳ.model子菜单
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1．改变晶体模型
Crystalmaker中提供六种模型结构，对于每种模型，用户都可以选择是否显示：单胞外形，轴矢量，表面覆盖。不同的模型可以在Model菜单中选择。 （1）Ball and Stick：
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Ball-and-stick plots描述了以线或者圆柱相连接的实心球，代表了化学键。每个原子的半径是它的Space-filling半径的百分数(默认40%),其最小半径为0.4埃。用户可以使用Model Options> Atoms pane>Relative Radius and Minimum Radius对ball-and-stick中的球体大小进行编辑。
（2）Space Filling：
Space-filling plots描述了在一个结构中原子是如何堆簇在一起的。这些原子呈球状，半径对应其实际的原子半径。如果用户定义了键，软件会在必要的时候使用球叠加校正。 （3）Polyhedral：
复杂结构可以使用配位团作为几何单元(多面体),从而省略原子和原子键(例如，一个SiO4团代表了四面体，其中Si原子在中心，O原子在顶点)，达到简化的目的。Crystalmaker可以构建任意凸多面体。
注意：必须定义原子键才能生成多面体！ （4）Wireframe：
对于复杂结构，wire-fame结构对比较有用，这通常是在屏幕上旋转结构的最快模型。未键合的原子好比一个个独立的像素。每对原子间的线分割表示键。 （5）Stick：
本模型包括经过渲染的原子键的圆柱形化学键，而未键合的原子显示为球形。这在显示化学键结构和分子几何时特别有用，但对于复杂结构画起来会比wireframe慢。 （6）Thermal Ellipsoid：
本模型适用于结构的位置中包含原子位移参数的情况。Thermal Ellipsoid模型和ball-and-stick模型类似，但是在这个结构中一些原子呈椭圆形，表现出热振动、无序的各向异性，并显示出了在原子位置上的不确定性。椭圆的大小依赖于位移参数和其他可能因素。
注意：用户可以同时使用polyhedral, ball-and-stick, wire-frame，stick在一个模型中。
2． Show Surface 显示原子表面
表面覆盖可以模拟单个原子的蓬松性质
3． Hide unit cell 隐藏单胞
4． Hide axes 隐藏坐标（窗口左下角）
5． Model options 模式选择
自定义不同渲染效果的模型或更简单点儿的“线性艺术”。 （1）atoms原子选项
在Atoms面板中，用户可以根据元素类型或位置自定义原子显示的样式。列表中显示了按照元素类型分类的原子球体、热椭圆体和多面体。点击灰色的三角按钮，用户可以关闭或打开这些原子。
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