发布时间 : 星期四 文章检测晶体常出现的错误更新完毕开始阅读
_223 检测非主体结构氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出 警报
_230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各 相异性参数，无序或过度精修可能会导致大小不一。原子的错误判定也会有这样 的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重 原子的键有较大的 DELU 值
_241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的 U(eq)值。原子的 U(eq) 值会被拿 去与所有非氢原子的平均 U(eq)去比较，如果值太大，可能是原子定错了。
_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于 0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的 R(int) 没什么意义
_021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单 元中的数目。对于中心对称的结构，期望币值为小于或等于 1.0;对于非中心对称 结构则小于 2。超过这些数据可能是：对称性消光没有从观测数据中消除或采用 过多的数据进行精修
_022 :检测完整度，检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率 _023 : Check θmax。检测分辨率。当 sin (θ)/λ <0.6 时，发布警告。 _024 : 检测优化的平均 Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的 MoKa 数据，平均 Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用 MERG 4。 _025 : 检查 h,k,l 范围 _026 : 检查弱点，检查 2σ 以上的独立数据的衍射是否充分
_030 检测精修的消光参数是否有意义，检测它的值是否明显大于相应的 s.u。如 果不是，这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为 3.33 s.u _032 检测 Flack 参数的 S.U. _033 检测 Flack 参数偏离零的程度，即检查绝对构型的正确性。 _040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子
_041 比较报道的与计算的总分子式 Compare the Reported and Calculated Sum Formula
_042 比较报道的与计算的残基分子式 Compare the reported and Calculated Moiety Formula
_043 比较报道的和计算的分子量 Compare Reported and Calculated Molecular Weight
_044 比较报道的和计算的分子量密度
_045 比较报道的和计算的 Z 值 _046 检测报道的 Z, MW, D(calc) 是否一致 _050 检测给出的 mu 值 _051 测试报道的和计算的 mu 的差别。 _052 测试吸收校正方法的条件 _053 测试晶体尺寸最小值 xtal_dimension_min 的条件 _054 测试晶体尺寸中间值 _055 测试晶体尺寸最大值
_056 检测晶体半径 Test for specification xtal_radius _057 检测必需的吸收校正 Test for absorption correction needed _058 检测规定的最大透过率 Tmax _059 检测规定的最小透过率 Tmin _060 RR Test _061 RR' Test
_062 Rescale Tmin & Tmax
_063 测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的 Xray 束。例外的情况是使用 β 滤波器和足够大的准直仪。 _064 Test for T(max) .GE. T(min)
_065 检测（半）经验吸收校正的应用情况 est for applicability of (semi-)empirical abs.corr.
_070 检测原子标签的重复情况 Test for duplicate atom labels _071 检测是否有无法解释的标签
_080 检测最大的漂移/误差 比值 maximum shift/error _081 检测给出的漂移/误差 比值 Test for maximum shift/error given _082 检测合理的 R1 值 _084 检测合理的 R2 值 R2 一般是基于 F2 精修出的 R1 的两倍 _086, _087 检测合理的 S 值 _088 检测合理的 Data / parameter 比值 (中心对称) _089 检测合理的 Data / parameter 比值(非中心对称) _095 检测给出的最大残余密度 _096 检测给出的最大残余密度 _097 检测给出的最大残余密度 _098 检测给出的最小残余密度 _099 检测给出的小于 0 的最小残余密度
_410, _413 : 检测分子键或分子内短程的 H----H 相互作用。当对称性错误的时候， 空间群错误时（偏低或偏高）按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本 应不存在，这是就可能会产生果断的相互作用。短程分子内作用可能源于 H 原 子被放错误计算出来的原子上。也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而 造成错的错误（比如 2 代替了“-1”），当忽略晶胞转换时常发生。短相互作用用 1.2A 的范德华半径来表示，对分子间弱相互作用警报发生于距离短于 2.4A。对 分子内来说，警报值发生在小于 2.0A。这种警报对团簇构型很有意义，尤其是
当氢原子按照理想位置参与计算时
_412 & _413 报告 CH3 H-atoms 的相互作用，这些氢最好采用理论计算方法获取。
_416 : 检测 分子内 D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_417 : 检测 分子间 D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_420 : 检测 D-H 没有受体用通常的氢键标准判断，氢键受体必须潜在。对 OH
和常见的 -NH and -NH2 很少有例外。通常出现的错误是：A common -OH 上氢 键指向有误。.
_430 : 检测 D..A 距离。通常在 D..A 距离小于范德华半径之和减去 0.2 时，会 警报。
_431 : 检测 Hl...D 距离，检测与卤素有关的分子间的距离
_432 : 检测分子间距离
THETM01_ALERT_3_B The value of sine(theta_max)/wavelength is less than 0.575 Calculated sin(theta_max)/wavelength = 0.5572
对于这个错误你可能在ins文件中删除的点或者角度范围太大了，也就是可能你用了omit命令了
-------------------------------------------------------------------------------- PLAT148_ALERT_3_B su on the a - Axis is Too Large (x 1000) . 12 Ang. PLAT148_ALERT_3_B su on the b - Axis is Too Large (x 1000) . 13 Ang. PLAT148_ALERT_3_B su on the c - Axis is Too Large (x 1000) . 14 Ang. 对于这三个错误主要是收录晶体还原数据时，最终的晶胞参数偏差太大造成的，
最好重新收录，实在要消除也可以，就是在ins文件中把偏差改小，详见下面的例子： TITL A in Pnma
CELL 0.71073 12.1750 8.9250 8.9372 90.000 90.000 90.000 ZERR 8.00 0.0014 0.0008 0.0009 0.000 0.000 0.000 LATT 1
SYMM 0.5-X, -Y, 0.5+Z SYMM -X, 0.5+Y, -Z
SYMM 0.5+X, 0.5-Y, 0.5-Z
在ZERR 后面的三个单包参数的下面对应的偏差改到0.00**就可以了
--------------------------------------------------------------------------------
PLAT031_ALERT_4_B Refined Extinction Parameter within Range ...... 2.00 Sigma
这个错误是系统消光的问题，把ins文件中exti0.0000这个删除就可以了
PLAT026_ALERT_3_C Ratio Observed / Unique Reflections too Low .... 47 Perc.
晶体尺寸给的不合理，改变size后的数值。
1. 我的CIF文件不加氢键没有A类错误，但是一加氢键就有错误，还很多，（氢键也很多，14个氢键），错误是下面的这样子的，错误都差不多，我找了几个人都没有修改过来，所以请这里的高手来把把脉，谢谢了先！在投稿时CIF文件里面必须要加氢键吗？
706_ALERT_1_A H...A Calc 21.07(6), Rep 2.30(6), Dev.. 312.83 Sigma
H2# -O5 1.555 4.655
707_ALERT_1_A D...A Calc 29.316(10), Rep 3.103(7), Dev.. 2621.30 Sigma
N1 -O2# 1.555 3.466 ......
ALERT_706 Type_1 CIF Construction/Syntax Error, Inconsistent or Missing Data. Hydrogen-Bond H..A listed in the CIF is checked. Alerts are set at 1,2 and 3 sigma deviation levels.
This ALERT is generally related to incorrect symmetry codes. The symmetry number s in the symmetry code s_pqr should correspond to the expression for s in the CIF. Those expressions can be different for different
software packages. E.g. pasting H-bond table data generated with PLATON into a CIF generated with SHELXL may raise this ALERT. Manual correction of the symmetry code should be trivial. ..... 答：
1. 在投稿时所有的原子都要找全包括氢原子，否则化合物的电荷是不平的。 2. 前面二个问题按checking提示是H原子与O原子不在同一个分子套内，如： H2# -O5 1.555 4.655
H2#在第一套等效点系而O5在第四套等效点系且x方向还要加1； N1 -O2# 1.555 3.466
N1在第一套等效点系而O2#在第三套等效点系且X-1,Y+1,Z+1
解决的办法是用push或move命令将原子移动到同一个分子套内。注意，用差值确定的H原子在修正前可用AFIX 93加以约束。其余十二个估计也是同样问题。 3. 最后一个问题是CIF的格式不对，请仔细检查。
2求助A类错误
ABSTM02_ALERT_3_A Test not performed as the
_exptl_absorpt_correction_type has not been identified. See test ABSTY_01.
哪位虫友知道怎么改阿？麻烦给解答一下 谢谢！
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 9.21 Ratio
第一个，吸收校正的类型没有填。应该补上，如： _exptl_absorpt_correction_type Multi-scan 或
_exptl_absorpt_correction_type none