发布时间 : 星期五 文章MEGA3 指南更新完毕开始阅读
2005-9-24 6:58:00
Ex 9.2.1 ：激活“File” 菜单下的文本编辑器（text editor ），在文本编辑器中打开 Hum_Dist.meg 文件。
Ex 9.2.2 ：检查Hum_Dist.meg 文件中#mega format specifier 、title 、OTU 名和交叉排列 的序列数据。
Ex 9.2.3 ：我们建议在进行数据分析之前应该退出文本编辑器。在关闭文本编辑器时， 若提示保存，则选“No” 。
下面我们将在MEGA 中激活Hum_Dist.meg 文件，并利用该距离数据构建系统树。
Ex 9.3.1：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活Hum_Dist.meg 文件。
Ex 9.3.2：在“Phylogeny” 中选择“Neighbor-joining” ，并开始运算。
Ex 9.3.3：生成的NJ 树将在“Tree Explorer” 中显示。
Ex 9.3.4：关闭数据，退出MEGA。 注：
hsp20.fas 用于演示对序列比对，Drosophila_Adh.meg 用于演示“由核苷序列估计演化距 离”、“核苷序列统计属性计算”，Crab_rRNA.meg 用于演示“系统树建立”、“对类群分群”， Chloroplast_Martin.meg 用于演示“检验获得的系统树的可靠性”，Contigs.meg 用于演示“基 因和域的操作和分析”，HLA_3Seq.meg 用于演示“正选择检验”，Hum_Dist.meg 用于演示 “用距离数据构建系统树”。
hsp20.fas 文件是一个含有四条序列的FASTA 序列文件。Drosophila_Adh.meg 是一个经 过比对的含有11 条编码DNA 序列的MEGA 文件，并进行了基因注释，序列以隔行形式排
列。Crab_rRNA.meg 是一个经过比对的含有13 条编码DNA 序列的MEGA 文件。
Chloroplast_Martin.meg 含有10 条经过比对的叶绿体蛋白质序列；每条序列均由多个蛋白质
序列组成，并进行了基因注释；序列以隔行形式排列。Contigs.meg 文件是一个含有两条经 过比对的蛋白编码DNA 序列的MEGA 文件。HLA_3Seq.meg 是一个进行了域注释和位点标
记的MEGA 文件，其中含有三条经过比对的编码DNA 序列。Hum_Dist.meg 是一个含有15
个类群的距离矩阵数据文件。
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