发布时间 : 星期四 文章Swiss-pdbviewer使用说明更新完毕开始阅读
DeepView (曾经叫做 Swiss-PdbViewer), 也叫 DV 或 SPV，是一种界面友好， 基于计算机应用，功能强大的三维图形软件工具。它是由瑞士日内瓦分子生物服 务器的 ExPASy 设计的，生物学家可以通过英特网从该服务器免费获得。
一． Overview Swiss-Pdb Viewer 又叫 Deep View. 它的功能如下： a.显示和分析生物大分子（protein）的结构与图解； b.给予一段氨基酸序列，从头建立蛋白质结构模型 c.找出并显示蛋白质中、蛋白质间、基团间的氢键 d.通过检晶仪检测电子密度图，判断电子密度图谱和模型的质量，从而可以确 定蛋白质模型中许多普通类型的缺陷； e.同时显示分析多个蛋白质的 3D 结构和序列； f.计算氨基酸残基的静电力和分子表面携带的最小自由能。 g.对序列已知结构未知的蛋白质，Deep View 会将氨基酸序列递交给 ExPASY , 通过找到同源序列进行比对，将比对结果通过 ExPASY 递交给 Swiss Model，做出同源模型。
二． Getting Started 载入一个蛋白质分子的方法有以下几种 a.可以直接在菜单 file→open PDB file b.也可以在打开 PdbViewer 之后再直接把 pdb 文件拖进去即可 c.另外也可以通过快捷键 ctrl+o 打开 pdb 文件 d.在菜单 file 最下面的最近使用的 pdb 文件中直接打开 e.在菜单 file 中点击 Import,出现对话框，在 Name 栏中键入 PDB ID，如 “1HEW” ，点击“Grab from SERVER”下面的“PDB File” ，模型就会以 棍状形式出现。从这里我们可以看出，载入一个蛋白分子，不仅可以使用 PDB ID,还可以使用 ExPDB ID,
SwissModel 中的编号， Uppsala EDS 中的电子密度图编号，pubchem CID，Uniprot 和 GenBank 中的序列号等。 保存 PDB 文件 a. 可以通过 file→Save→ Current Layer(Ctrl+S)保存在显示窗口活动的蛋白 分子的 PDB 文件。 b. Project(shift+ctrl+S)保存所有同时打开显示的蛋白质分子。 c. Save selected residues of Current Layer 保存被选择的氨基酸残基。 d. 还可以保存蛋白序列的 fasta 格式和当前蛋白质的图像。 e. 保存不同蛋白间的序列比对结果。 f. 同时可以修改默认的参数以更好的显示分子图像。
三． Windows and Help 在 windows 下有如下各种功能:control panel, layers infos, alignment,等，下面以斑头雁与人的血红蛋白的序列为例，来介绍 windows 这些选项卡的功能。 (一) Control Panel 当前显示的分子 Control Panel header 第一行是控制当前活动分子的 可见性和可移动性，以及针对 Control Panel 寻求帮助。 第二行的功能从左至右依次是： 显示氨基酸残基(show)，显示侧链(side)，标注残基(lable)，显示分子表面( )，以条带形式显示螺旋和折叠(ribbons)， 并且可以有选 择的对各种氨基酸残基进行颜 色修饰(color)。 每一项上面的 标志，当点击 Group 这一项主要列出 的有： 蛋白质的主链：A.B 二级结构：h(helix) S(strand) 氨基酸名称：如 GLU, VAL 等 氨基酸的编号 “+”时，就会针对选中的氨基 酸显示相应的侧链、标签、电子 云等，点击“-”时，这些相应的 侧链、标签、电子云消失。 这两个黑色的箭头可以显示隐 藏的菜单： ——选择表面的类型： VDW( 范 德 华 力 表 面 ) 、 accesible( 可 及
性 表 面 ) 、 molecular(分子表面) 、user 。 ——着色对象的类型： Backbone+side(骨架和侧链) 、 Backbone(骨架) 、 sidechain(侧链) 、 ribbon(条带) 、lable(标签) molecular surface(分子表面) 、 (二) Layers Infos layers infos 可以同时显示多个蛋白质的信息， 可以通过对 layers infos 的操作控制 各个蛋白质的显示情况，根据使用者的需要清楚的观察各个蛋白质。 点击问号标志，可以针对 Layers Info 寻求帮助。 列出所有载入 的分子，当前 活动分子用红 色表示。 以 NCBI 分类法 为依据，给出蛋 白所属生物的分 类学地位。 对每个分子，选中或不选可以 控制是否执行如下表所示的各 种功能，按住 shift 可同时控制 所有载入的分子。 显示在每个分子中当 前选中的基团数。 Layers Info sel grp vis mov axis CA O H Hbnd Hdst cyc 分子被选中。 便于序列的选择，点击下面的数字时，会选中所有属于这一基团的序列。 控制蛋白的可见性。 控制这个蛋白质是否可以移动。 给该图形加一个坐标轴，该坐标轴有三个方向：X,Y,Z。 用来控制是否只显示蛋白质的α-碳原子。 用来控制是否显示骨架的氧原子。 用来控制是否显示氢原子。 用来控制是否显示氢键。 显示氢键间的距离。 控制不同 layer 之间的轮换显示，按 Ctrl+Tab 可完成这一操作，但只有在所选 layer 的 cyc 选中的情况下进行。 +” “ 表示这一 layer 总是可见， -” “ 表示这一 layer 总是隐藏。 控制给出的序列是否会出现在比对窗口。 允许去选择模板来构建初级模型或提交给 SwissModel 进行同源模建。标记“*” 的 layer 会被作为参考 layer,这一 layer 会被作为同源模建时的主要
模板， 他的骨 架会被应用，而其他模板的作用只是增加构建侧链的准确性。 AlnW mdl 注：Ctrl+点击 layer 的名字就可以对所点击的 layer 重新命名。 (三)Alignment Alignment 可以进行序列的比对，将斑头雁的血红蛋白（1a4f）与灰雁的血红蛋 白（1faw）文件打开，应用 Alignment 进行序列比对。点击左侧的小图标可以以 文本形式显示比对的结果。
四．Manipulating the Model 共有 13 个控制按钮，从左至右依次为： 是将显示的蛋白质结构模型在窗口中居中。 点击该图标后， 可以保持蛋白质结构模型不旋转的情况下在显示窗口中移动模型。 点击该图标后，可以放大或者是缩小结构模型。 点击该图标后，可以旋转该蛋白质结构模型，可以通过不同的角度清楚的 观察蛋白质结构。 是用来测量两个原子间的距离。 用来测量三个相邻原子的角度。 用来测量相邻四个原子的二面角。 点击以后可以在所显示的蛋白质上查看某个氨基酸残基是什么， 并且标出 该氨基酸残基在蛋白质多肽中的位置。 是以某个氨基酸残基为中心，显示在一定范围内的所有原子。以虎纹捕鸟 蛛毒素（1QK6）为例，显示在 cys16 周围 4.000范围之内的所有氨基酸残基。 显示以某个所选定的氨基酸残基为中心的蛋白质多肽的结构图。 是将一个分子叠加到另一个分子上 （仅仅当有两个或更多的分子被载入时 可以利用） ，在这种情况下，可以点击三个相应的分子中的原子来进行叠加。 可以应用这个工具进行对某一点的定点突变。 用来对所选的氨基酸残基的某一链进行旋转扭曲。 关于 mutate 和 torsion 会在后面具体介绍。