使用Multiwfn图形化研究弱相互作用 联系客服

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际上理应显示成淡蓝色,但由于色彩刻度上下限的设定有一定随意性,导致同一个色彩刻度范围未必对每个体系都很合适。如果不同体系不用同一个上下限,在横向比较作用强弱的时候又会缺乏基准,而且需要每次手动调整,略微麻烦,一般来说还是按照原文,色彩刻度统一使用[-0.04,0.02]范围为好。但遇到颜色与期望的差异较大时,最好还是看看散点图上相应spike的位置来确认。色彩刻度的随意性是这种分析方法的一个弊端,不同色彩刻度下得到的此体系的等值面如下图所示,差异是很明显的。另外屏幕对比度、可视化程序中分子与光源的相对朝向等诸多问题都可能影响色彩,给定量比较带来些麻烦。

[图11]

下图的四个体系分别是:1. 环氧乙烷与氟化氯通过卤键形成的复合物 2.二环[2,2,1]庚烷 3.gauche构象的苯乙胺 4.直立构象的甲基环己烷。这些留给读者自行分析,在原文的补充材料中也有很多例子,值得一看。

[图12]

4 实例

这里以苯酚二聚体为例介绍如何绘制sign(λ_2)ρ函数填色的RDG等值面图。

phenoldimer.wfn //文件名 100 //功能100

1 //绘制“函数1 vs. 函数2”散点图并生成相应格点文件 15,13 //sign(λ_2)ρ是第15号函数,RDG是第13号函数 -10 //设定延展距离 0 //延展距离为0 bohr

2 //用中等质量格点

现在开始计算,由于体系稍大,所以计算稍微耗时。由于计算sign(λ_2)需要计算电子密度的Hessian矩阵,会比计算RDG函数要费时不少。经过约5~10分钟(视CPU速度而定)计算完毕。当选取的函数1和函数2分别为sign(λ_2)ρ和RDG函数时,散点图的x,y坐标轴范围会分别自动调到[-0.05,0.05]和[0.0,2.0],所以直接用功能-1就能看到合适的散点图了,如下图上方所示。之后选择功能3将函数1和函数2的高斯类型格点文件输出到当前目录下func1.cub和func2.cub。

[图13]

虽然能显示高斯类型格点文件的等值面的程序很多,但支持将一个函数数值用不同颜色填到另外一个函数的等值面上的