发布时间 : 星期六 文章基因测序案例更新完毕开始阅读
? D1、D2、D3、D4、D5、D6、V 各自的全部鉴定出的蛋白质的结构分类
3）KOG/COG注释（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG；eggNOG数据库），提供分析数据及展示图；
? D1、D2、D3、D4、D5、D6、V 各自的全部鉴定出的（差异）蛋白质的COG注释 ? 提供分析数据及展示图7张
5．KEGG注释 除常规程序性分析外，提供以下数据及图
1）KEGG注释，提供分析数据及展示图7张；
? D1、D2、D3、D4、D5、D6、V 各自的全部（差异）蛋白质的KEGG注释 ? D1、D2、D3、D4、D5、D6、V 各自的鉴定出的（差异）蛋白质的KEGG注释
2）D1、D2、D3、D4、D5、D6、V （差异）蛋白质Pathway 代谢通路分析
? V 蛋白质Pathway 代谢通路分析 ? 全部蛋白质Pathway代谢通路分析； ? 鉴定出的蛋白质Pathway代谢通路分析 ? 差异蛋白Pathway富集性分析； ? 显著性差异的代谢通路分析； ? Biological Process分析；
? 差异蛋白互作网络图（PPI-JCB、DIP、IntAcT-EBI、GRID数据库）； ? 差异蛋白-基因互作网络图（STRING、BIND、MINT、GRID数据库）；
3）D1、D2、D3、D4、D5、D6分别独立分析，提供分析数据及图6张：
? 全部蛋白质Pathway代谢通路分析； ? 鉴定出的蛋白质Pathway代谢通路分析 ? 差异蛋白Pathway富集性分析； ? 显著性差异的代谢通路分析； ? Biological Process分析； ? 上调、下调的蛋白种类及聚类分析；
? 差异蛋白互作网络图（PPI-JCB、DIP、IntAcT-EBI、GRID数据库）； ? 差异蛋白-基因互作网络图（STRING、BIND、MINT、GRID数据库）；
4）D1、D2、D3、D4、D5、D6、V 代谢通路间的差异，提供图和相应的数据；
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5）D1、D2、D3、D4、D5、D6、V Pathway富集性差异分析，提供图和相应的数据。 5. 多样品间表达模式聚类 提供分析数据及展示图
1）D1、D2、D3、D4、D5、D6发育节点的表达模式聚类； 2）各聚类结果的功能富集分析、通路富集分析； 3）D1→D2→D3→D4→D5→D6时间序列的pathway分析。 6．靶基因与蛋白质关联分析
（1）长寿基因，提供分析数据及展示图
? 长寿基因表达的蛋白质（转录组翻译+蛋白质相结合进行确定） ? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点长寿基因蛋白质表达
? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点长寿基因蛋白质表达差异分析；
（2）细胞衰亡基因，提供分析数据及展示图
? 细胞衰亡基因表达的蛋白质（转录组翻译+蛋白质相结合进行确定） ? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点细胞衰亡基因蛋白质表达
? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点细胞衰亡基因蛋白质表达差异分析；
（3）P450基因，提供分析数据及展示图
? P450基因表达的蛋白质（转录组翻译+蛋白质相结合进行确定） ? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点P450基因蛋白质表达
? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点P450基因蛋白质表达差异分析；
（4）线粒体基因，提供分析数据及展示图
? 线粒体基因表达的蛋白质（转录组翻译+蛋白质相结合进行确定） ? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点线粒体基因蛋白质表达
? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点线粒体基因蛋白质表达差异分析；
（5）抗性代谢基因，提供分析数据及展示图
? 抗性代谢基因表达的蛋白质（转录组翻译+蛋白质相结合进行确定） ? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点抗性代谢基因蛋白质表达
? Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6各节点抗性代谢基因蛋白质表达差异分析；
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6．ITRAQ、转录组、miRNA联合分析
1．关联分析样品表
分组L1-L6: 4龄期 6龄期 蛹期 1年成虫 2年成虫 4年成虫 总库 RNA-Seq样品数量： 3（X1） 3（X2） 3（X3） 3（X4） 3（X5） 3（X6） T MiRNA-Seq样品数量 3（Y1） 3（Y2） 3（Y3） 3（Y4） 3（Y5） 3（Y6） U iTRAQ样品数量： 1（D1） 1（D2） 1（D3） 1（D4） 1（D5） 1（D6） V
分析思路：1）差异miRNA靶基因预测；2）预测得到的mRNA与转录组联合分析；3）转录组、蛋白联合分析
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2．RNA-Seq 与 miRNA-Seq 关联分析，提供分析数据及展示图
1）分析ECrel、PPrel、Gerel的3种关系； 2）miRNA关联的mRNA靶基因预测； 3）miRNA-mRNA差异基因GO分类； 4）miRNA-mRNA差异基因pathway分析； 5）miRNA-mRNA差异基因调控网络； 6）miRNA关联的靶基因分析；
（1）长寿基因，提供分析数据及展示图
? 长寿基因关联的miRNA
? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点长寿基因关联的miRNA表达 ? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点长寿基因关联的miRNA差异分析； ? miRNA关联的mRNA长寿基因pathway分析
（2）细胞衰亡基因，提供分析数据及展示图
? 细胞衰亡基因关联的miRNA
? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点细胞衰亡基因关联的miRNA表达 ? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点细胞衰亡基因表达差异分析； ? miRNA关联的mRNA细胞衰亡基因pathway分析
（3）线粒体基因，提供分析数据及展示图
? 线粒体基因关联的miRNA
? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点线粒体基因关联的miRNA表达 ? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点线粒体基因关联的miRNA差异分析； ? miRNA关联的mRNA 线粒体基因pathway分析
（4）抗性代谢基因，提供分析数据及展示图
? 抗性代谢基因关联的miRNA
? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点抗性代谢基因蛋白质表达
? X1、X2、X3、X4、X5、X6各节点抗性代谢基因关联的miRNA表达差异分析； ? miRNA关联的mRNA 抗性代谢基因pathway分析
3. 蛋白质组与转录组关联分析
1）基因在转录和翻译水平的定量比较，提供分析数据及展示图
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（1）转录水平和蛋白水平密度图分析（根据所有转录本的FPKM值（包括FPKM, FPKM>1和蛋白相
关的FPKM）和蛋白水平iBAQ信号值）；
（2）转录水平和蛋白水平散点密度图分析； （3）转录水平和蛋白水平热图比较；
2）差异蛋白-mRNA靶基因分析，提供分析数据及展示图 （1）GO 分类；
（2）pathway 比较分析；
（3）GO、Pathway的差异基因与差异蛋白关联比较分析（用统一的Accession number号，
GenMAPP v2.1——KEGGG pathway）
? 差异蛋白-mRNA靶基因调控网络 ? 差异基因与差异蛋白互作网络
（4）差异蛋白、上下调mRNA基因；
3）各发育节点转录组与蛋白质组相关性、差异分析，提供分析数据及展示图
（1）T-V、X1-D1、X2-D2、X3-D3、X4-D4、X5-D5、X6-D6蛋白与转录水平相关度分析；
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（2）X1-D1、X2-D2、X3-D3、X4-D4、X5-D5、X6-D6 差异表达基因数量
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（3）X1-D1→X2→D2、X3→D3、X4→D4、X5→D5、X6→D6时间模式比较(STEM)比较；
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（4）Western Blot 验证（研究生做）
? V 数据库的差异蛋白质；
? D1、D2、D3、D4、D5、D6中的差异蛋白质的变化规律；
4）蛋白质与转录本Knowledge-driven Network、表达模式及聚类分析，提供分析数据及展示图
（1）X1-D1、X2-D2、X3-D3、X4-D4、X5-D5、X6
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-D6的表达模式聚类分析
? “RNA—蛋白”共表达网络
TF-Gene-Network分析
? 表达趋势和变化规律（比较两个组学水平表达模式的差异）；
（2）在发育时序中，各发育节点共有基因、及其对应蛋白的“mRNA—蛋白网络”的变化规律； （3）在发育时序中，各发育节点特殊基因、及其对应蛋白的“mRNA—蛋白网络”的变化规律。 4．miRNA-seq 与iTRAQ关联分析 （参考文献：Post-transcriptional regulation of human breast cancer cell proteome by unliganded Estrogen Receptor beta via microRNAs） 1）miRNA-seq水平和蛋白水平的参数分析 2) miRNA--靶基因分析
? miRNA与其调控靶基因之间的表达关系
? 差异蛋白miRNA-seq靶基因预测，差异 miRNA 转录因子预测 ? 差异基因与差异蛋白关联分析、互作网络
3）各节点D1-Y1、D2-Y2、D3-Y3、D4-Y4、D5-Y5、D6-Y6对应的miRNA-seq分析
4）各节点D1-Y1、D2-Y2、D3-Y3、D4-Y4、D5-Y5、D6-Y6的差异miRNA-seq与蛋白质的调控关系
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