发布时间 : 星期六 文章lammps输入文件命令中文详解更新完毕开始阅读
作者: 御剑江湖 收录日期: 2011-03-31 发布
日期: 2011-03-24
Commands
描述了lammps输入文件的格式和在定义lammps模拟所需要的命令.
1.1 LAMMPS input script
我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下
几点:
(1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的.
timestep 0.5 run 100 run 100 和
run 100 timestep 0.5
run 100
(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行.
(3) 还有一种情况就是: 命令B要用到命A设置的一些数值, 这样你也不能颠倒这两个命令的顺序.
每个命令的详细介绍中的Restrictions部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义.
如果你的输入文件书写的格式有问题,
lammps在执行的时候会提示ERROR或者WARNING , 出现类似信息时, 你可以到手册的第九章中查询原因.
1.2 Parsing rules
输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令. lammps中命令的书写是对大小写敏感的, 不过一般的命令和参数都是小写的, 大写字母用于极少数的情况.
(1) 命令行后的 & 表示这一行跟下一行是同一条命令. 这一点跟FORTRAN很像.
(2) 命令行最开始的 # 表示这一行在执行